L'esistenza dell'Ordine di San Lazzaro di Gerusalemme, presente sin dal XII° secolo come Comunità degli Hospitalieri di San Lazzaro, è attestata in ogni epoca da Bolle ed indulgenze dei Sovrani e Pontefici. 
Nei primi tempi sotto la protezione spirituale dei Patriarchi Greci Cattolici di Gerusalemme, l'ordine di San Lazzaro viene confermato da Papa Alessandro IV  (Bolla donata a Napoli il giorno 11 delle calende di aprile 1255), e riconfermato da Pio IV nella Bolla  "Inter assiduas" del 9 febbraio del 1565 e nella Bolla di Clemente XIV  "Militarium Ordinum Istitutio" del 10 dicembre 1772.
Nel luglio del 1308, nella città di Poitiers, il Re Filippo IV il Bello, prende d'Ordine di San Lazzaro sotto "......la sua guardia e speciale  protezione" al fine di proteggere da eventuali spoliazioni al suo ritorno dalla Terra Santa, in seguito alla caduta di San Giovanni d'Acri. 
Da questo momento in avanti, i successivi Capi della Reale Casa di Francia hanno confermato questa protezione, fino a Re Carlo X nel 1830.
In tale frangente l'Ordine rinnova i propri legami con il Patriarcato Greco Melchita Cattolico (1841), godendo della sua protezione spirituale e ritornando alle origini.
L'Ordine di San Lazzaro ha ritrovato ufficialmente la protezione temporale della Casa Reale di Francia il giorno 8 dicembre 2004, e ristabilito un legame diretto con la Chiesa Cattolica Apostolica Romana il 2 febbraio 2005 con la nomina di un Alto Prelato Protettore.
Conferma della protezione temporale è stata data nella Cattedrale di Orlèans nel 2004, durante l'investitura del Principe Charles-Philippe d'Orléans, duca d'Anjou, come 49° Gran Maestro dell'Ordine Militare ed Ospitaliero di San Lazzaro di Gerusalemme. Sono stati testimoni i rappresentanti ufficiali della Chiesa Cattolica, Greco-Cattolica, Ortodossa , Protestante, Anglicana e dei rappresentanti delle Chiese Riformate. Erano Presenti alche i Membri del copo Diplomatico, Dignitari della Repubblica francese e della Città di Orléans e rappresentanti militari di Francia, Paesi Bassi, Svizzera, Norvegia e Irlanda.
Nel 2010 viene eletto 50° Gran Maestro il Conte Jan Dobrzensky z Dobrzenicz, dopo le dimissioni di S.A.R. il Principe Charles-Philippe d'Orléans per impegni famigliari.
Del 2023  al Capitolo Generale di Namur (Belgio) viene nominato 51° Gran Maestro dell'Ordine di San Lazzaro di Gerusalemme, S.A.R. il Principe Françoise d'Orléans, Conte di Dreux .   
Oggi, l'Ordine di San Lazzaro è l'unico Ordine al mondo in comunione con la Casa Reale di Francia.